La Secretaría Ejecutiva del CNIME es la puerta de entrada para las nuevas empresas maquiladoras que deseen instalarse en el Paraguay y el vínculo permanente con las empresas que ya se han instalado en el país prestándoles un servicio de asesoramiento constante y facilitando los trámites de estas empresas ante otros organismos del Estado.
Entre las tareas de la Secretaría Ejecutiva figura la formulación y evaluación de políticas para el fomento de industrias maquiladoras y la progresiva incorporación de mano de obra, materias primas e insumos nacionales. También busca el mejoramiento constante de las condiciones normativas y operativas a fin de incrementar la competitividad del régimen y de las empresas que operan en él. CNIME impulsa las negociaciones internas y externas tendientes al fortalecimiento e incremento del potencial exportador del régimen, en coordinación con el sector privado.
La Secretaría Ejecutiva está a cargo de una promoción dirigida y personalizada con identificación previa de potenciales inversionistas.
La Secretaría Ejecutiva del CNIME será ejercida por un representante propuesto por el Ministerio de Hacienda y será la encargada de la aplicación de todo lo establecido en esta Ley y sus reglamentos, así como de los manejos administrativos referentes a las Industrias Maquiladoras de Exportación.